L'Università è tornata a fiorire a Vicenza dopo quasi otto secoli dalla breve ma intensa esperienza vissuta agli inizi del 1200. Sull'onda della rinascita culturale che in quell'epoca interessa l'Europa, Vicenza diventa destinazione, con diciotto anni di anticipo rispetto a Padova, di una "migrazione" di studenti dall'Università di Bologna, permettendo la nascita del primo ateneo in territorio veneto.
La presenza universitaria in città dura però soltanto cinque anni (1204-1209), quando una diversa situazione politica e civile provoca la sospensione degli studi. Vicenza sta attraversando un periodo molto tormentato della sua storia. Governata tirannicamente per tre anni da Ezzelino II da Romano, si sparge il terrore e molti fuggono.
Inoltre l’autorità ecclesiastica, sta vigilando attentamente sui sempre più numerosi eretici sparsi nel Veneto, in particolare a Vicenza; non è da escludersi che anche il sospetto di infiltrazioni eretiche abbia affrettato la fine dell’Università di Vicenza.
L'Università ricompare a Vicenza nel 1990, in virtù della spinta propulsiva infusa dal Consorzio per lo Sviluppo di Studi Universitari in Vicenza, allora presieduto dall'Avv. Lorenzo Pellizzari, costituitosi d'intesa tra Provincia di Vicenza, Comune di Vicenza, Camera di Commercio di Vicenza.
Dal 2003 l'azione del Consorzio è perpetuata dalla Fondazione Studi Universitari di Vicenza— FSU.